Danau Setu Patok tidak hanya menyembunyikan berbagai jenis spesies dari vegetasi alam baik flora dan fauna. Namun pula punya beberapa cerita dan sejarah seputar lingkungan alam dan sosialnya. Selain terdapat beberapa makam kuno, danau Setu Patok juga ternyata meyimpan beberapa situs gua Jepang.

Jumlahnya ada lebih dari dua dengan ukuran yang relatif sedang, cukup besar untuk manusia dapat berlalu lalang dengan tinggi dan lebar yang masing - masingnya mencapai sekitar dua meter persegi. Gua - gua tersebut terletak di hutan bagian dalam pinggiran danau dengan posisi yang cenderung menghadap ke arah danau. Bentuknya seperti lorong kecil yang tidak memiliki jalan akhir alias buntu. Gua - gua tersebut tampaknya cukup berguna untuk keperluan militer pada zaman kolonial Jepang. 

Pada satu lokasi gua yang terletak di bagian belakang bangunan Yayasan Wangsakerta, dua buah gua berdiri berhadapan dengan jarak kurang lebih sekitar 10 meter. Di samping kirinya tampak jalur dimana air biasanya mengalir. 

Pemerintah setempat tampaknya berencana untuk menjadikannya sebagai lokasi wisata di tahun - tahun sebelumnya. Walaupun niatan tersebut tidak atau belum benar - benar terwujud sisa - sisa pembangunan masih dapat terlihat. Seperti adanya tangga dan kondisi gua yang berada disebelah kiri yang agak berbeda dengan adanya tambahan semen.

Berdasarkan asumsi yang kuat dapat dikatakan bahwa gua - gua tersebut merupakan gua buatan yang dibentuk melalui pelebaran lubang - lubang kecil yang terlebih dahulu yang terbentuk berpuluh - puluh tahun atau mungkin ratusan tahun yang lalu melalui berbagai gejalan alam yang terjadi di danau Setu Patok. Material guanya merupakan bebatuan sedimen dengan pola permukaan bergelombang yang terbentuk sebagai hasil dari adanya tekanan air yang mengaliri di atasnya. 

Kapan Gua - Gua Tersebut Diciptakan dan Ditemukan?

Hampir tidak dapat dipastikan kapan persisnya gua - gua tersebut diciptakan dan ditemukan. Namun dengan penyebutan nama lokasi yang disebut sebagai gua Jepang oleh warga sekitar, dapat dipastikan bahwa gua - gua tersebut sudah ditemukan dan digunakan pada masa pendudukan Jepang yaitu tahun 1942 - 1945. Belum ada yang dapat memastikan apakah gua - gua tersebut juga sudah ada atau dibuat pada zaman kolonial Belanda dan digunakan kembali pada zaman kolonial Jepang.